Qonto SA è un istituto di pagamento autorizzato dall'ACPR francese con codice 16958 e opera in Italia tramite succursale con codice ABI 36092. Qonto dichiara la vigilanza congiunta di ACPR e Banca d'Italia.
Questo significa che Qonto non va valutato come una banca tradizionale italiana. È un conto di pagamento: i fondi dei clienti sono separati dalla tesoreria di Qonto e protetti secondo le regole applicabili agli istituti di pagamento. Parte dei fondi può essere depositata presso banche partner o investita in fondi monetari qualificati con garanzie dedicate.
La protezione non va confusa con il FITD italiano come se fosse un normale deposito bancario presso una banca italiana. Il FITD tutela i depositanti delle banche aderenti in caso di crisi bancaria. Qonto, invece, richiama nei propri documenti il Fondo di garanzia dei depositi e di risoluzione francese (FGDR) per i fondi depositati presso banche partner, fino a 100.000 € per banca e cliente.
Sul lato operativo, Qonto usa Strong Customer Authentication, cioè autenticazione forte del cliente prevista dalla PSD2, per proteggere accessi e operazioni sensibili. Se ha dubbi su comunicazioni commerciali, trasparenza o pratiche scorrette, in Italia il riferimento generale per la tutela dei consumatori è anche l'AGCM. Per vigilanza sui servizi di pagamento, invece, il riferimento centrale resta Banca d'Italia insieme all'autorità francese ACPR.